政府審計學院成立于2015年12月，其前身可以追溯到1987年時設置的工業(yè)審計系。學院定位是建設審計理論研究基地，培養(yǎng)多層次高素質(zhì)審計專業(yè)人才，打造服務國家治理與區(qū)域經(jīng)濟發(fā)展的審計智庫。

　　學院師資結(jié)構合理，在政府審計、內(nèi)部審計、會計師審計方向具有較強的師資力量?，F(xiàn)有教師73人，其中教授18人（占比25%），副教授18人（占比25%），博士生導師4人，教育部新世紀優(yōu)秀人才1人，財政部會計學術領軍后備人才2人，江蘇省“333高層次人才培養(yǎng)工程”6人，江蘇省高?！扒嗨{工程”中青年學術帶頭人4人，江蘇省“六大人才高峰”高層次人才5人，江蘇省“青藍工程”優(yōu)秀青年骨干教師培養(yǎng)對象5人。此外教師還擔任了財政部企業(yè)內(nèi)部控制標準委員會咨詢專家、中國內(nèi)部審計協(xié)會學術委員會委員、中國會計學會內(nèi)部控制專業(yè)委員會委員、中國商業(yè)會計學會學術委員會委員、江蘇省內(nèi)部審計協(xié)會會長與秘書長，多次參與了審計相關法律法規(guī)準則的制定與修訂工作。近年來，學院教師先后主持完成國家自然基金和國家社科基金13項、教育部人文社科基金、審計署重點科研課題、江蘇省社科基金等省部級以上科研課題15項，積極參與國家有關審計法律法規(guī)和標準的制定，承擔完成行政和企事業(yè)單位的橫向課題，完成專著10余部，在省級以上專業(yè)學術期刊上公開發(fā)表論文200余篇，其中在《會計研究》《審計研究》《中國行政管理》等權威期刊發(fā)表高質(zhì)量學術論文20余篇。

　　學院現(xiàn)有審計學系、政府審計系和內(nèi)部審計系。南京審計大學國家審計研究院、現(xiàn)代審計發(fā)展研究中心、新時代中國特色社會主義審計理論研究中心、自然資源與環(huán)境審計研究院、中國內(nèi)部審計協(xié)會內(nèi)部審計發(fā)展研究中心等研究院（中心），以及中內(nèi)協(xié)內(nèi)部審計學院等機構掛靠我院，學院積極探索與掛靠科研機構師資互通、資源共享，深度融合、協(xié)同發(fā)展。學院長期重視學科建設，本學科已入選江蘇高校優(yōu)勢學科建設工程一、二、三期項目；“現(xiàn)代審計理論與方法研究”為江蘇省“青藍工程”科技創(chuàng)新團隊；“現(xiàn)代審計發(fā)展研究中心”是江蘇省高校哲學社會科學研究基地，承擔了教育部哲學社會科學研究重大課題攻關項目“更好發(fā)揮審計在黨和國家監(jiān)督體系中的重要作用研究”。

　　學院設有一個本科專業(yè)：審計學；三個本科特色方向：審計學（IAEP）特色專業(yè)方向、審計學（內(nèi)部審計方向）和審計學（大數(shù)據(jù)審計方向），擁有審計學學術碩士和審計專業(yè)碩士（MAud）學位授予權。其中審計學專業(yè)入選國家一流本科專業(yè)建設點，為教育部特色專業(yè)建設點和“專業(yè)綜合改革試點項目”、江蘇省“十二五”重點專業(yè)、江蘇省A類品牌專業(yè)和江蘇省一流專業(yè)；審計學教學團隊為國家級教學團隊和江蘇省高校優(yōu)秀教學團隊；“審計高等教育理論探索與實踐創(chuàng)新”獲江蘇省高等教育教學成果特等獎和國家級優(yōu)秀教學成果二等獎。此外，學院還承擔了中國政府審計獎學金項目，為境外國家審計機關培養(yǎng)審計專業(yè)碩士人才。同時，學院與審計署以及各政府審計機關聯(lián)系密切，積極探索國民教育與職業(yè)教育的深度融合，不斷推進人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新，學院已成為國內(nèi)外政府審計重要的人才培養(yǎng)基地。